Nginx это web сервер и для работы с CGI ему нужен apllication server, например,
uWSGI или, как раз указанный вами, FastCGI, можно даже оставить Apache, а в конфигурации сайта прописываете что-то вроде:
location /cgi-bin {
proxy_pass http://127.0.0.1:8080
}