Рекомендую сделать все на отдельных листах, как приложения.
Оформление математических формул и расчетов описано в ГОСТ 2.105—95 "Общие требования к текстовым документам", пункты 4.2.15-4.2.19. Я когда писал диплом, то первой строкой шла формула, а второй расчет по этой формуле.
А программу (на С) оформлял как приложение, она небольшая была, листов 5.
Рамки были на всех листах. Нумерация сквозная.