ThunderCat

И форма в pop-up(единственное, что отличает ее от обычной это наличие поля skypе):

откуда она берется? Для того чтобы событие на ней работало она должна быть в теле документа, на момент создания слушателя. А слушатель должен вешать события только когда документ полностью загружен.
Вы опять намутили какую-то хрень, которая работать как надо не будет.
1) Скрипт с аяксом должен быть внутри события загрузки страницы.
2)

$( "form" ).submit(function( mail ) {
    event.preventDefault();    ...

бредовая конструкция не делающая НИЧЕГО, в функцию передается СОБЫТИЕ event(у вас там какой-то mail).
3) файлы js имеют свойство кешироваться в браузере, по этому они не будут изменяться при простом обновлении страницы, и вы будете долго думать почему ничего не работает.

А чем массив не подходит?

Див обновляется на странице без перезагрузки страницы, раз в определенное время.

Скорее всего он тащится аяксом с сервера, просто посмотрите откуда берутся данные, тащите напрямую оттуда.

CI/ModX, оба достаточно простые, но для лендинга норм.

Во первых у вас не пишется какой урл вы при этом запрашиваете. Чего гадать, больше данных вставьте в свой логгер.
Во вторых - окружение на всех машинах разное 100%, поставьте докер и поднимите какой-нибудь ламп одинаковый для всех, если у вас так криво все настроено.

$(function(){
$('form').submit(function(event) {
    event.preventDefault();
   let that = $(this);
    $.ajax({
      type: "POST",
      url: "mailer/smart.php",
      data: that.serialize()
    }).done(function() {
      that.find("input").val("");
      alert("Сообщение успешно отправлено");
      that.trigger("reset");
    });
    return false;
  });
})

Во первых, как вам и указали, 'SELECT * FROM `cities` WHERE `id` ' не имеет полноценного условия
во вторых:

echo " 
";
}
?>

Гммм.. в пустом месте должно быть

<meta name="Keywords" content="'.$row['keywords'].'">
<meta name="Description" content="'.$row['description'].'">

код приведите как есть. У вас там хрень с кавычками 100%.

UPD:

echo " 	   
    <title>".$row['title']."</title>
<meta name="Keywords" content="'.$row['keywords'].'">
<meta name="Description" content="'.$row['description'].'">";

там где у вас в кавычках "Keywords" кавычки от ечо условно закрываются, потом идет Keywords которое к коду никак теперь не относится, затем кавычки открываются... Короче следите за кавычками.

при експлоде проверяйте каунт аррэя и если каунт мо тхен 1 тогда в бд, а елс пропускаем.

К примеру, цена 5555. Это самое большое число. Значит рейтинг 1.
4555, это число на 2 месте находится. Выдаем 2 место в рейтинге.

То есть когда появится товар с ценой 5554 ВСЕ товары ниже по рейтингу надо будет перерейтинговать? Зашибись решение. Не поделитесь зачем такой изврат?

Если вам не нужно это хранить, то есть просто нужно вывести товары по рейтингу - просто делаете выборку с ордер бай прайс, если нужно к конкретному товару дать этот рейтинг - это уже извращения другого рода. Тут действительно скорее всего придется хранить отдельную оценочную запись.

ну, вариантов есть много, вот например:
Создаете из пыха файл restart.ngx когда нужно перегрузить сервер, из крона каждую минуту дергаете баш скрипт перезагрузки сервера если файл есть + стираете файл. Физически пых никак при этом не дергает систему.
Вопросы устойчивости системы и прочие "безопасности" смотрите по месту.