У меня таких глюков не наблюдается, все работает нормально, удаляется/добавляется, воспроизвести баг не удалось (
Гуглохром, винда 7. Возможно у Вас стоит какое-либо расширение для разработки, которое не очень нежно обращается с кукисами? Попробуйте другой браузер, попросите знакомых потестить страничку, скорее всего баг носит локальный характер, я бы на вашем месте хранил бы это не в куке а в сессии, в хардкорном варианте в базе ), а в куке только юзеркей какой-нибудь. Не думаю что юзер через год зайдет и такой: "Ах елки, у меня тут в избранном столько полезного было!" ) Но если очень охота - пиши в базу, по кею вытаскивай.