ThunderCat

если есть файлы пхп, логично что и пых установлен, запускайте пыховый скрипт, в настройках укажите дефолтный кодепэйдж утф8.

Вопрос - сколько правильно иметь колонок и строк и общий вес базы данных?

Все зависит от задач. В личном блоге достаточно пару полей и 5-7 таблиц на все сущности. В больших проектах базы и под терабайт вполне бывают, количество полей может быть очень разным.

Далее добавил различные характеристики у user.

Они нужны? Они относятся именно к юзеру? Значит все нормально.

Затем еще добавил логи входов (ip, дата)

Это отдельная таблица, отдельная сущность и отдельная логика. Нужна - значит добавляете.

Боюсь логами забьется на сотни тысяч строк :)

Пару миллионов строк для средней базы - вполне адекватный размер, если это не какой-то мусор, а что-то важное.

https://secure.php.net/manual/ru/reserved.variable...

мэйлер не знает что за строки вы ему пихаете, указывайте кодировку, читайте доку
$mail->CharSet = 'UTF-8';

Так вот как мне лучше обновить элементы с новыми порядковыми номерами, если представить что в один момент могут это делать несколько пользователей. Что бы все не запуталось.

что конкретно может запутаться? В вашем случае если все могут менять, то будет работать принцип "кто последний тот и папа", не зависимо от транзакций и прочей чехарды.

Рекурсия это функция, в аргумент передаете текущий массив, если он содержит массивы - снова вызываете эту же функцию с уже новым массивом, таким образом все самозацикливается.

Во первых покоцан первый див
Во вторых - добавьте тег формы, пока это просто элементы внутри хтмл, что как минимум не валидно, и кроме того не удобно обрабатывать.
В третьих формат имени - добавьте в конце имени инпутов '[]'

<input type="text" class="form-control input-sm" name="sum_fix[]">

Дальше все стандартно, субмит формы, на сервере получаете массив полей, сохраняете. Можно прикрутить аякс и отправлять без перезагрузки, по событию субмит на форме.

Если на сервере есть 15+ гиг - то лучше скачать и далее работать уже с локальным файлом, который можно открывать кусками любого удобного размера. Если такой возможности нет, то сначала надо убедиться что файл на удаленном сервере не будет меняться во время работы с ним(а работа будет не сильно быстрой, учитывая размер файла), далее открывать файл чанками, указывая смещение. Тут придется повозиться, так как нужно будет брать куски, которые кроме того что размером отличаются, так еще и каждый следующий будет считаться от позиции высчитанной из предыдущего, в зависимости от того вытащился ли целый фрагмент json структуры или "битый", в котором есть лишний хвост или кусок в котором не хватает данных до полного элемента.

после установки модуля от уважаемых разработчиков сайт перестает открываться

уважаемые разработчики - это те которые поддерживают свои разработки. Соответственно либо у вас что-то не так настроено(читайте доку к модулю), либо пишите разработчикам в суппорт.

Есть еще вариант разбираться самостоятельно(но судя по "Но модуль состоит из большого количества файлов, как же мне определить в какой из них идти и использовать die?" это не ваш вариант), или обратиться на фриланс, ибо по таким симптомам никто вам ничего конкретного сказать не сможет.

у вас 2 ошибки(даже можно сказать 3):
1)

function productDeleteWish() {
        $(this)...

в этом месте контекст $(this) уже потерян, что легко проверяется console.log($(this)).
Вместо этого выше нужно передать контекстную переменную в другую, let that = $(this);
2) function productDeleteWish() { не принимает аргументов, хотя функция done() возвращает какой-то результат. Хотя это по моему тут вообще лишнее.
3) Не используете дебаг, всего-то надо было последовательно отловить что происходит по ходу скрипта.

Вообще логика скрипта - мрак и ужас, все умещается в 4-5 значимых строк:

$('.js-addwish').on('click', function(){
        $(this).toggleClass('in_wishlist');
          //Отправляем запрос на удаление/добавление товара из избранного, 
          //так как id уникальный, никаких других данных серверу передавать не нужно
          //в ответ просто получаем 1 или 0 (добавили/удалили)
        $.get('/wishlist/?product_id=' + $(this).attr('product_id'), function(data)){
           (data == 1)? alert('addet!') : alert('removed!');
         )}
    )}

Почему переменная пропадает из области видимости в другом файле?

По тому что инклуд происходит внутри объекта $web_template, в котором область видимости изолирована текущим вызывающим объектом.

В самом файле такой код:
<?php
$products = $GLOBALS['products'];

Во первых - вы пытаетесь достать из глобал переменную, которую туда не помещали, во вторых - это просто жопа какой плохой подход, вместо этого у вас должно быть что-то типа

$web_template->products = $products;
$web_template->include('catalog', 'cards-simple');

В самом файле такой код:

var_dump($this->products); // $this будет ссылаться на сам объект $web_template

PS:это при условии что я правильно понял структуру вложений вашего приложения.