Вопрос - сколько правильно иметь колонок и строк и общий вес базы данных?
Все зависит от задач. В личном блоге достаточно пару полей и 5-7 таблиц на все сущности. В больших проектах базы и под терабайт вполне бывают, количество полей может быть очень разным.
Далее добавил различные характеристики у user.
Они нужны? Они относятся именно к юзеру? Значит все нормально.
Затем еще добавил логи входов (ip, дата)
Это отдельная таблица, отдельная сущность и отдельная логика. Нужна - значит добавляете.
Боюсь логами забьется на сотни тысяч строк :)
Пару миллионов строк для средней базы - вполне адекватный размер, если это не какой-то мусор, а что-то важное.