Павло Пономаренко

iife и есть способ использовать замыкания. Лично я давно её на практике не использовал, но необходимо судить по ситуации.

Да и в скомпиленном коде всякие классы и леты могут реализовываться через iife

Оба кода выглядят правильными, но они настолько разные, что, я предполагаю, вы их нашли где-то и у вас не готово под них всё остальное. К примеру, для первого примера, не подключен Foundation, а для второго - не написана modalShownFn.

Единственно, что: 3000 - это 3 секунды. Для 3 минут должно быть 3 * 1000 * 60

И да, в примере $(".city_chooser_small_frame .show") вы не "ставите ей класс show". Подучите основы JQuery. Думаю, заработает так:

$(document).ready(function() {
  var KEY = 'city_chooser_small_frame';
  if ($.cookie(KEY) == null) {
      $.cookie(KEY, 'yes', { expires: 7, path: '/' });
      setTimeout(function(){
         $(".city_chooser_small_frame").addClass("show");
      }, 3000); // <== не забудьте тут правильное время
   }
});

Иногда классы все-равно нужны. Потому для того, чтобы код был в едином стиле - всегда использую классы.

Использовать reduce с грязной функцией - дурной тон. Просто напишите for-of цикл вместо reduce

для рендеринга присматриваюсь к React+Canvas

Когда делаете что-то на Canvas - нет никакого смысла в Реакте, да и в гейм-деве он будет только мешаться.

Чистый 2д-контекст в JS - очевидно плохое решение всегда, честно.

Отталкивайтесь от целей. Если у вас таргет исключительно на Веб - берите Пикси и делайте отличные быстрые игры.

Если хотите больше платформ - однозначно берите Юнити.

У вас три из четырех примеров - невалидный JSON (валидный только второй)

Но вообще - всякие такие функции можно поискать в lodash или погуглить его альтернативы.

Откажитесь от ФорИч, разделите метод на две логических части - поиск и действие. Я не уверен, что у вас и как работает (может там нельзя сравнивать через indexOf, хотя вы и сравниваете)

function matches (point, target) {
  return point === target; // тут надо правильное условие написать
}

function findIn (coordinates, target) {
  for (var i = 0; i < coordinates.length; i++) {
    if (matches(coordinates[i], target)) return coordinates[i];
  }

  return null;
}

elem.on('clickAddress', function(e, coord) {
  const result = findIn( coordinates, coord );
  if (result) {
      	placemark.balloon.open();
  }
});

Я знаю, что у вас не совсем та логика, но стараюсь передать идею. Если можно открыть одновременно нескоьлко балунов - возвращайте массив. Пока у вас непонятное что-то написано. Особенно не хватает типизации, например, что находится в переменной coord - совершенно непонятно, что вы её indexOf вызываете.

Извините, я правильно поняла, что this в данном случае - window

Обратите внимание, что может быть и не window. К примеру:

class Foo {
  constructor () {
    this.name = 'Вася';
    this.sayHiDeferred = defer(this.sayHi, 2000);
  }
  
  sayHi () {
    alert('Привет, ' + this.name);
  }
}

new Foo().sayHiDeferred()

Именно для того, чтобы сохранялся правильный контекст и нужен этот apply

// создание полей input
    Form.prototype.createInput = function createInput(e) {
        for (let i = 0; i < e.length; i++) {
            this.input = document.createElement('input');
            this.input.type = e[i].type;
            this.input.classList = 'js-input';
            this.input.name = e[i].name;
            this.input.placeholder = 'Введите ' + e[i].content + ':';
            this.input.id = e[i].id;
            this.input.value = '';
            this.formWrap.append(this.input);
        }
    }

Тут вместо this.input нужна более локальная let input

Прочитайте, для начала, это. Особенно раздел "Функции". https://bonsaiden.github.io/JavaScript-Garden/ru/

Я бы реализовывал через WebGL:
https://threejs.org/