Тарас Фомин

Лучше сразу так: https://learn.javascript.ru/

Какие функции должен знать JS Frontend Junior

Все. Джун - это тот кто почти всё знает (основы как минимум), но у него нет/мало опыта на реальных проектах.
p.s. вообще понятие джун/мидл/сениор слишком размытое)

Потому что тогда выкиньте ваш контроллер, зачем он вам нужен?
Идея mvc в том что вы можете заменить вашу вьюху, которая работает с этими переменными, на другую вьюху (возможно даже на лету) - и оно будет работать. Так вы убираете зависимость вьюхи от контекста

php.net/manual

Вам это не нужно

Видать не до конца читали, если я правильно понял вопрос, надо вызвать clearTimeout() и передать ей результат вызова setTimeout()

// ставим
var a = setTimeout(..);

// сносим
clearTimeout(a);

Берем скрипт, в конце eval заменяем на console.log, копипастим выдачу в любой преттифайер и получаем более-менее читаемый скрипт - https://jsfiddle.net/yu1e9fk8/
Использовать только в учебных целях!

То есть ты просто взял весь JS с другого сайта и не понимаешь, почему он не работает?) Весь клиентский JS ради одного максимально простого слайдера? Если так, то он и не будет работать.