Александр Маджугин

Статью игнорируйте. Человек даже не осилил встроенную систему бэкапов битрикс и предложил делать всё то, что она умеет сама, но руками. Что тут еще добавлять? А, да - у них полный комплект сертификатов - это уже должно настораживать. А вот комменты стоит там почитать - есть полезные.
Все проблемы описанные про 80Гб не стоят и выеденного яйца. Там из 80Гб 79Гб картинки которые вам тащить в проект не обязательно и даже вредно и опасно. Ключи тоже нафиг не нужны. Закройте девелоперские сервера чтобы они не торчали в сеть и всё. Никто вам слова не скажет.
Вы упустили самую большую проблему любого вэбпроекта, не обязательно битрикса - как вносить изменения в базу? Ну допустим вы сделали модуль с отзывами и для него вам потребовалось добавить товарам 2 свойства. Закоммитите вы это на сайт и чо? Вам придется идти и руками создавать в админке эти поля. Или писать к каждому коммиту скрипт, который их создаст. Вот об этом подумайте лучше.
Я бы остановился на скрипте. Но только не SQL запрос, а именно скрипт создания полей через битрикс-API.
В остальном ваша схема более менее верная.

Вы же почти решили вопрос!
В главную:

<? global $USER;
if($USER->IsAuthorized()) {
include('include/auth_index.php');
} else {
include('include/notauth_index.php');
}
?>

В корень каталог include, а в него два файла - один с содержимым главной для авторизованных, второй для неавторизованных.
По идеи хорошо бы это не так групо как я, написал, а с помощь битриксовских инклюдов включаемых областей, но это ведь уже сами сделаете?