Вы же почти решили вопрос!
В главную:
<? global $USER;
if($USER->IsAuthorized()) {
include('include/auth_index.php');
} else {
include('include/notauth_index.php');
}
?>
В корень каталог include, а в него два файла - один с содержимым главной для авторизованных, второй для неавторизованных.
По идеи хорошо бы это не так групо как я, написал, а с помощь битриксовских инклюдов включаемых областей, но это ведь уже сами сделаете?