не понятно что Вы подразумеваете под этим
Вот мне нужно чтобы при наличии куки html отдавался из папки r.site.my, а в $_SERVER[HTTP_HOST] тоже был r.site.my, а без куки соотвественно просто site.my.
в чём проблема вписать редирект на этот домен в моём условии
Если У Вас так плохо с пониманием конфигов Nginx и Вы не хотите читать доки, дайте мне, я сделаю)
Отличия ТОЛЬКО в домене!