Вот наиболее развернутый ответ от Эльбы

Вопрос: В виду того, что Upwork отправляет нам на банковский счет меньше денег чем поступило на внутренний счет (вычет комиссии), происходит некий взаимозачет как я понимаю, приходит валютный платеж, разрешено ли вообще так делать с валютными платежами? Как мне отобразить это в Эльбе и документах, если это разрешено?
Эльба: В данном случае у вас агентская схема, то есть доход вы признаете на дату оплаты клиента агенту (апворку), в рублях по курсу ЦБ РФ на эту дату (а не на дату перевода средств на ваш транзитный счет).
Чтобы точно определить эту дату и сумму поступления, у вас должен быть отчет агента, с подробным перечнем всех операций.
Однако, будьте готовы к тому, что если на дату поступления средств на транзитный счет курс валюты будет выше, нужно будет доказать налоговой, почему вы признали доход по дате оплаты клиента, вернее, что дата оплаты клиента была именно такой. Поэтому предварительно уточните в вашей ИФНС, устроит ли их отчет агента в том виде, в котором вы получаете его от Апворк.
В Эльбе отражаете доход по дате оплаты клиентом апворку операцией поступления Прочее, тип "не указан".

Вопрос: Как вести учет доходов: нужно ли добавлять каждое поступление на внутренний счет Upwork в КУДиР в Эльбе или нужно добавлять только суммирующее поступление денег раз в несколько недель, которое автоматом экспортируется из интернет-банка?Нужно учитывать, что Upwork отправляет нам на банковский счет деньги с ВЫЧЕТОМ комиссии, то есть на счет приходит денег меньше, чем отображалось бы при добавление доходов при поступлениях на внутренний счет.
Эльба: Создаете операцию поступления Прочее на каждую отдельную оплату клиента апворку.

Вопрос: Нужно ли платить УСН 6% с доходов включая комиссию Upwork (Upwork забирает себе в среднем 10% от каждого платежа) или только с фактически поступивших денег мне на банковский счет?Если платить надо со всех доходов, то как мне отображать сколько мне денег поступает на внутренний счет Upwork, если на банковский счет деньги приходят уже с вычетом комиссии.
Эльба: Доход признаете в сумме всей оплаты клиента без уменьшения на комиссию Апворка.

Вопрос:

• При снятии комиссии Upwork’ом мне нужно платить НДС на сумму этой комиссии. Мне нужно создавать счет-фактуру в момент поступления денег на внутренний счет Upwork или при поступлении денег на банковский счет (между этими событиями может пройти несколько недель)?
  
• НДС мы платим в рублях, доход приходит в долларах, мне нужно рассчитывать сумму НДС в рублях по курсу на момент поступления денег на внутренний счет Upwork или на момент прихода на транзитный счет в банке?
  

Эльба: Если Апворк не стоит на учете в РФ в качестве плательщика НДС, с суммы его комиссии вам нужно будет платить НДС по итогам квартала (то есть с суммы комиссий, списанных в пределах этого квартала).

Вопрос: Какие документы мне нужны для подтверждения всех этих операций? Достаточно ли этих документов будет? Все то что предоставляет мне Upwork, это:

• инвойс по каждому платежу на внутренний счет от клиента ко мне (как будто мне платит напрямую клиент, хотя на самом деле мне платит Upwork, как посредник)
  
• инвойс на каждую списанную комиссию с внутреннего счета, возможно это нужно для уплаты НДС?
  
• акт от Upwork, в котором указывается сумма поступивших денег мне на банковский счет, предоставляется после вывода денег на банковский счет. В этом акте по запросу я могу попросить указать, не только сумму поступивших мне денег, а также сумму удержанной комиссии
  

Эльба: Так как у вас УСН "доходы", учесть комиссию Апворк вы не можете, поэтому подтверждать ее не нужно.
От Апворк вам важно получить отчет агента по всем операциям платежей ваших клиентов.

Мой личный комментарий: из личного кабинета Upwork мы можем распечатывать счет по каждому платежу клиента, а также счет на каждую услугу, которую нам продал Upwork (включая все комиссии которые были списаны), этими документами можно будет решить скорее всего все вопросы налоговой.

На каждое поступление на счет Upwork нам нужно (то есть обычно раз в неделю на каждого клиента):

1. Создать запись в КУДиР о поступлении.
   
2. Сделать счет-фактуру на сумму списанной комиссии.
   

А при выводе денег надо просить подписать акт Upwork'а с указанием поступивших нам средств, суммы списанных средств на банковское обслуживание (30$) и суммы списанных комиссией, так как это будет единственный документ от Upwork с их подписью.

1. Если работать по фикс прайс заказам с помощью агенств - каким образом можно осуществить такую схему, чтобы никто никого не видел ?

Такая схема может работать только по Fix price. Если я не ошибаюсь (пусть меня поправят другие), то вы можете создать просто Agency с одним сотрудником - вами. То что за вами стоит команда из 6 человек никому не интересно, вы уже Агенство и вы не обязаны добавлять всех своих сотрудников в Upwork (насколько я знаю).

Вопрос в том, чтобы убедить заказчика, что у вас есть достаточная команда. Мне кажется вашего портфолио уже достаточно, остальное за вашим искусством переговоров.

2. Имеет ли смысл использовать заранее созданные noname профили (логины и пароли к ним будут у меня) просто чтобы для видимости наполнить агенство разработчиками ?

Вот это точно запрещено и не стоит этим заниматься, все равно не сможете поддерживать профили в актуальном состоянии. Также если Upwork заметит это, то у вас запросят множество документов на каждого сотрудника, которые вы вряд ли сможете предоставить, в итоге вас заблокируют и деньги на счет вам не вернут и с повторной регистрацией у вас тоже возникнут проблемы.

3. Если работать по часовой ставке - можно ли сделать так, чтобы разработчики не видели ставку по которой мы работаем ?

К сожалению, нет, Upwork в этом смысле слишком прозрачен, меня это тоже иногда печалит, но сделать с этим вы ничего не можете.

4. Если навскидку - насколько сложно (по времени и в кол-ве выполненных проектов) можно будет получить первый заказ объемом от 3000 - 5000 $ ?

Тут вообще как повезет, если круто заполните профиль и будете хорошо вести переговоры, то можете хоть на первый день получить, а можете через 2 месяца, это как игра в рулетку. Демпинговать вначале я не рекомендую, как и соревноваться с индусами, это добавит вам дешевый заказ в профиль и на эту цену будут ориентироваться заказчики в будущем, оценивая ваш уровень. Можете сами себя загнать в low-price сегмент, если вы там не планируете работать, то даже не начинайте.