Никогда раньше SEO не интересовался, но вот:
По идее JSON-LD и Microdata описывают одну и ту же информацию на основе одного и того же стандарта - schema.org.
Все поисковики поддерживают оба формата.
Но тот же Google например рекомендует именно JSON-LD
Microdata - удобно, что не нужно дублировать контент на странице. Достаточно просто пометить нужные части HTML-а.
JSON-LD - удобно, тк не зависит от разметки и вроде как легче генерировать программно.
Google явно рекомендует использовать именно JSON-LD (не знаю причину, но подозреваю что из-за того что его машине легче читать):
https://developers.google.com/search/docs/appearan...
Комбинировать оба формата можно - главное чтобы не было противоречий.
3. Имеет ли значение, где я размещу разметку JSON-LD, в верху страницы, или в самом низу?
Лучше, чтобы было в начале
Допустим, я не нашел, как сделать разметку для Breadcrumbs на JSON-LD
Кстати, тот же яндекс в своём руководстве в одном из первых примеров показывает, как их разметить)