Если решающий фактор поисковая оптимизация, то разницы вы не заметите. Это слишком малозначимый фактор, чтобы хоть с какой-то точностью определить его влияние на SEO.

До стандарта HTML5 нельзя было вкладывать блочные элементы внутри строчных, поэтому вставляли ссылку внутрь подзаголовка. Вот так:

<h3><a href="/site"> Ваш подзаголовок </a></h3>

Сейчас, по новым стандарам, оба варианты валидны. Разница между ними в том, что обернув в ссылку, весь блок будет кликабелен. Если наоборот (ссылка внутри подзаголовка) то кликабелен будет только сам текст.
И повторюсь, для SEO вы разницы не заметите, кто бы что ни говорил, потому что это слишком незначительный фактор, отследить его влияние не получится (если оно вообще есть). А по спецификации HTML валидными будут оба варианта.

1. Проверяйте релевантность страниц, ограничивая зону поиска вашим сайтом. директива site:doctu.ru при запросе. Если искать только по сайту - наиболее релевантной считается как раз таки основная страница по офтальмологам.

2. На сайте много однотипных страниц, поэтому риск такого смещения релевантной страницы в поиске всё равно будет.
Пробуйте усилить релевантность районных страниц\страниц метро. Сейчас на них нечитабельные заголовки - "Детские офтальмологи в Ярославском Москвы".
Куда лучше будет "Детские офтальмологи в Ярославском районе Москвы - X врачей, Y отзывов".
Так же и со станциями метро - не просто название, а полноценный читабельный заголовок для страницы.

В принципе, в выдаче полно таких же медицинских агрегаторов - можно ориентироваться на них при продвижении.