Дмитрий

1. Проверяйте релевантность страниц, ограничивая зону поиска вашим сайтом. директива site:doctu.ru при запросе. Если искать только по сайту - наиболее релевантной считается как раз таки основная страница по офтальмологам.

2. На сайте много однотипных страниц, поэтому риск такого смещения релевантной страницы в поиске всё равно будет.
Пробуйте усилить релевантность районных страниц\страниц метро. Сейчас на них нечитабельные заголовки - "Детские офтальмологи в Ярославском Москвы".
Куда лучше будет "Детские офтальмологи в Ярославском районе Москвы - X врачей, Y отзывов".
Так же и со станциями метро - не просто название, а полноценный читабельный заголовок для страницы.

В принципе, в выдаче полно таких же медицинских агрегаторов - можно ориентироваться на них при продвижении.

Выше написали про однозначно негативное влияние, но это не совсем так.
Посмотрите на лидеров рынка (Wildberries, к примеру) - они успешно разносят разные расцветки одежды на разные URLы. Но обратите внимание как это реализовано - для пользователей это выглядит как просто смена цвета (URL меняется, но без перезагрузки страницы).

М.Видео, Связной вполне успешно разносят одни и те же модели телефонов на разные страницы в зависимости от цвета, это видно по обычным айфонам.
При этом, я бы не злоупотреблял таким дроблением товаров. У молодого сайта большое количество однообразных страниц может быть воспринято действительно как дублирование контента. Всё таки М.Видео, Связной, Wildberries это крупные и трастовые сайты.

В Яндекс.Вебмастере, кстати, можно отслеживать индексацию. Сейчас при удалении страницы из индекса там указывается причина. Если такие группы схожих товаров будут выкидываться из индекса - это будет заметно сразу.