Если решающий фактор поисковая оптимизация, то разницы вы не заметите. Это слишком малозначимый фактор, чтобы хоть с какой-то точностью определить его влияние на SEO.
До стандарта HTML5 нельзя было вкладывать блочные элементы внутри строчных, поэтому вставляли ссылку внутрь подзаголовка. Вот так:
<h3><a href="/site"> Ваш подзаголовок </a></h3>
Сейчас, по новым стандарам, оба варианты валидны. Разница между ними в том, что обернув в ссылку, весь блок будет кликабелен. Если наоборот (ссылка внутри подзаголовка) то кликабелен будет только сам текст.
И повторюсь, для SEO вы разницы не заметите, кто бы что ни говорил, потому что это слишком незначительный фактор, отследить его влияние не получится (если оно вообще есть). А по спецификации HTML валидными будут оба варианта.
