Читайте про паттерны, но используйте только те что понимаете и кажутся удобными. Сейчас в области стандартов творится полный ахтунг, взять хотя бы psr-6..
Никто не запрещает использовать kohana\core как отдельную библиотеку, hmvc реализуется на большинстве фреймворков, например на yii. Это же паттерн, он не привязан к какому-либо фреймворку.
Плюсы такого решения - третья сторона (сторонний агрегатор) ваши конфиденциальные данные + не нужно платить им комиссию, минусы - судя по вопросам их безопасность Вы вряд ли обеспечите + если не использовать агрегаторы совсем, то придется подключать каждую платежную систему самостоятельно, например, получать максимальный аттестат для webmoney\яд, что не так-то просто.
По поводу реализации: возьмите описание к любому популярному агрегатору - оно содержит ответы на большинство возникших вопросов - просто сделайте по аналогии.
Влияет в основном положение текста на странице(выше = важнее), размер, видимость, хотя точно сказать не возможно - у всех поисковиков свои алгоритмы. Описанное Выше вытекает из рекомендаций гугла\яндекса