Ваши настройки никак не влияяют на системный пинг куда-бы то ни было.
Nekobox лишь дает вам возможность использовать свой socks прокси сервер, перенаправляющий тррафик в канал Xray.
Пинг никак волшебным образов не впрыгнет в этот прокси.
гуглить "socksify linux", если есть реализация для отправки трафика с интерфейса или маркированного в iptables - Значит можно, если нет - значит нельзя.
Простая и проверенная инструкция - "как сделать mysql на сервере не чувствительным к регистру" - это понимать, как работает mysql.
В нем есть кодировки и collation - CI (Case Insensible - не чувствительный к регистру) и CS (Case Sensible - Чувствительный к регистру).
Собственно вам нужно обеспечить поддержку кодировки символов CI
Нужно использовать пакетную базу дистрибутива для установки ПО, пока это возможно.
Удалите все, что наустанавливали и
apt update
apt remove python-is-python2 python2
apt install python3
apt install certbot python3-certbot-nginx
msmtp с использованием учетной записи от нормального почтового сервера - ваш вариант.
Ставить почтовые серверы - значит полностью настраивать их, иначе письма не будут приниматься нормальными почтовыми серверами.
Только найти выпускающий центр, чей корневой сертификат есть на этих старых устройствах - и купить сертификат у них.
Но это не надолго-рано или поздно и такой корневой сертификат закончит свой срок жизни и будет перевыпущен.
certbot (официальное решение от letsencrypt) позволяет выпускать и обновлять сертификаты и для одного домена, и для нескольких (в одном и нескольких файлах) и также и wildcard.
Читайте документацию на официальном сайте и делайте, ваш вопрос явно подпадает под жалобу "ответ можно найти поисковиком".
1. Поиском по содержимому (в /etc) найти, где хранятся правила и понять как они восстанавливаются при загрузке.
2. Удалить ненужное из файла или удалить ненужные правила через iptables -D и сохранить новый список правил в найденный файл.
Развернуть BitrixVM в виртуальной машине и перетянуть все, что вам нужно - на Debian.
Просто перенести сайт, базу данных и конфиги nginx, apache, mysql и т.п. - руками.
Не умеете? Тогда стоит искать того, что умеет или задавать вопросы ТП битрикса.