Alexey Dmitriev

Права на доступ к директории должны быть для пользователя\группы, от которой работает веб сервер.

руками в конфигурационном файле nginx, лежащем в /etc/nginx
Добавить что-то типа такого и скомандовать service nginx restart

server {
    server_name www.example.com;
    return 301 $scheme://example.com$request_uri;
}

1. Ищите в /etc/httpd .conf файл, который мог установить php.
2. Посмотрите-кто вообще висит на 80 и 443 порту - netstat -pna

Проксируете трафик на apache через nginx, если нужен apache. Или не проксируете -если нужен nginx. В результате на входе всегда стоит nginx - это сейчас вообще стандартное решение.

Вижу два варианта -
1. В каком-то конфиге apache вызывается эта библиотека.
2. В сайте есть какая-то функция которой нужна эта графическая библиотека.

Покажите вывод команды
cat /proc/sys/fs/file-max

Ну и вообще то облазить /var/log на предмет странных записей в этот момент было бы неплохо.

1. В linux нет папок, там директории.
2. Права на директорию для пользователя от которого apache запускается какие?
3. В var/log/httpd есть логи, в том числе и лог ошибок-там можно посмотреть-в чем проблема.

Оставить nginx в качестве фронтенда, а apache перевести бекендом и проксировать нужный трафик из nginx на апача.
А SSL сертификаты они универсальные - их можно использовать везде после подгонки форматов.

Вопрос к автору вопроса - вам нравится плодить вопросы?
Вы уже задавали этот вопрос вчера - Как на сервере centos 7 обновить libxml2?

И ответ на ваш вопрос - ИМХО правильнее пересобрать пакет из src.rpm.
Для этого нужно установить нужные для пересборки пакеты командой yum groupinstall "Development Tools", а затем пересобрать src.rpm в бинарный с помощью команды rpmrebuild. И после его сборки просто его установить.