Let's Encrypt не привязана к Apache или nginx.
Утилита certbot имеет ключ --manual
https://certbot.eff.org/
Форматы сертификатов могут конвертироваться между собой.
Но сомневаюсь, что вам удобно каждые 3 месяца будет менять их, ибо lets ecnrypt выдает их на 90 дней.