Если у вас динамически создающиеся скрипты (когда вы средствами разора формируете вёрстку с вкраплениями js), то, получается, что под каждый запрос каждого пользователя у вас появляются свои, разные файлы.
Причем, да, понятно, что не все script надо включать в такой временный файл, т.к. некоторые из них могут меняться для каждой страницы, а некоторые могут быть полустатичными, поэтому достаточно не включать в @Scripts.Include такое содержимое.
На самом деле, если у вас невозможно выделить js код в отдельные файлы, значит, что-то не так со структурой проекта и js кода в нём.
<script type="text/javascript">
$(function(){
$("body").style("color: red");
});
</script>
Зря Вы так. Какая разница, на чем написана основа, если фронтенд на Angular/React/Vue в полностью современном стиле можно натянуть на что угодно? Php отличается только тем, что писать плагины на нем проще, т.к. не нужна прекомпиляция, но всё решается компиляцией c# в dynamic assemblies.
Размер современных cms на php измеряется сотнями классов и сложной архитектурой, чем оно проще того же asp.net? Тем более что для внятной реализации mvc на php приходится еще и какой-никакой фреймворк брать в качестве основы, не чистый php.
Итого можно так же взять готовый (.Net mvc движок), натянуть верстку, закинуть по ftp на хостинг за 100 рублей (такие есть) и радоваться жизни.