Отвечаю по пунктам.
1. Во-первых, эти ресурсы нужны не ОС, а программам, которые их используют (исключение — манифест). Но ОС (точнее, библиотеки win32api) предоставляет способ эти самые ресурсы получить. В DLL никаких функций, отвечающих за выдачу ресурсов, нет (но есть тонкость — некоторые старые программы, чтобы получить ресурс, загружали библиотеку как исполнимую и тем самым вызывали ее инициализацию — этим пользовались некоторые вирусы). Кроме того, формат исполнимого файла и его ресурсов условно-известный, и можно работать с ресурсами напрямую, минуя специальные функции. Таким путем, кстати, идет ResHacker.
2. Примера создания я не знаю. Но если вы знаете хотя бы одну Resource-only библиотеку, вы можете удалить из нее все ресурсы, и получить «чистую», в которую потом можно засунуть любые другие ресурсы. Способ совершенно корректен, и, главное, избавляет от необходимости знакомиться с компиляторами и компилируемыми языками программирования.
3. Файл Desktop.ini — это декларативный файл настроек, а не императивная программа, поэтому, строго говоря, в данной строке вообще ничего не происходит. Вместо этого, данная строка говорит любой программе, способной понимать файл Desktop.ini, что для отображения файла
3D Vision Photo Viewer.lnk следует использовать строку номер 2003 для текущей локали из ресурсов PE-файла
%ProgramFiles(x86)%\NVIDIA Corporation\3D Vision\nvstlink.exe О формате файла Desktop.ini хорошо написано в
Википедии 
