У вас все магазины одинаковые, чтоль? Смотрите, который подходит под конкретный проект. У коммерсов хотелок выше крыши. Я для себя выбрал CS-Cart, при условии, что нужен чисто магазин.
Они везде одинаковые, т.к. это коммерческое тиражное решение. Поищите студии, которые занимаются шаблонами, обычно Joomla студии занимаются WP параллельно.
Что, совсем плохо с безопасностью? Как минимум соблюдать элементарные правила гигиены.
1. Не устанавливать сомнительные плагины и темы из неизвестных источников
2. Сложный пароль FTP и администратора
3. Пароли хранить в уме
4. Не использовать стандартный префикс БД