В дефолтный домен (конфиг Nginx) добавьте секцию HTTPS. И соответственно открываться должна заглушка.
Иначе, все кто ссылаются на ваш IP будут считаться Яндексом зеркалами домена, на который выдан сертификат.
Буквально на неделе с такой проблемой ко мне обращались.