Сделайте отдельный контроллер и view под кусок на котором jQuery нужно запускать.
В этом контроллере запускайте jQuery. В этот момент шаблон уже отрендерен.
Нормального решения в принципе нет под такое. Потому что файлы новые постоянно появляются и подгружаются динамически.
Не нормальное - список файлов, колбек при загрузке каждого и ручное отслеживание и подсчет %.
Это вам не верстка, где с какой версии хочешь с такой и начинаешь.
Что вы кодфёрстить собрались без базы? Наугад без запуска кода и проверки работы вообще? Или как?
А работа с сущностями без сущностей?
Doctrine это не база, а ORM.
С таким же успехом на бумажке можно код писать, пользы примерно столько же будет.
ап.
Абстрагирование от конкретной БД != вообще не использовать базу как таковую при разработке.
Если вы хотите гибкость под *Sql решения - используйте ORM и не парьте мозг.
Если вы хотите использовать вообще какие-то магические вещи - пишите на адаптерах.
Но я думаю что у вас нет надобности и никогда не будет прям все что угодно вместо обычной БД поставить. Поэтому это все того не стоит. Возьмите MySql/Postgre и нормально пишите код.
У вас кусок верстки, с разложенными как надо элементами.
Что вы хотите еще неясно
---
Увидел внизу "как надо".
А код-то где хоть какой-то.
Это разложить на бекенде надо по идее.
По крайней мере логичнее будет это делать там.
Но без точной задачи ничего непонятно все равно.