1. Не используйте регистронезависимые файловые системы. То что jpg и JPG разные файлы — это норма. Странно что не прилетели пока jpeg и JPEG.
2. Нет никакой "системы Yii" или "админки" из коробки. Это код вашего приложения, а не Yii.
3. Бэкап файловой системы до переноса есть?
4. Покажите код, где происходит валидация загрузки файлов.
Dmitry Bay, тут смотря как выбирать фреймворк. Если исключительно по популярности то, конечно же, это будет Laravel. Если другие критерии включать, то тут уже возникают вопросы.
При изменении одного базового репозитория ломаться будет много чего. Я предпочитаю дублировать код и делать так, чтобы одна часть систему не ломалась при изменениях в другой.
2. Нет никакой "системы Yii" или "админки" из коробки. Это код вашего приложения, а не Yii.
3. Бэкап файловой системы до переноса есть?
4. Покажите код, где происходит валидация загрузки файлов.