SagePtr

Самый банальный вариант - путь к файлу указываете неправильно. Может быть, не учитываете регистр имени файла (который в других ОС кроме винды - имеет значение)

Виртуальный жёсткий диск и сотрёт. А виртульный жёсткий диск - это обычно отдельный файл на физическом жёстком диске (чтобы подцепить к virtualbox раздел на реальном жёстком диске, нужно извратиться через консоль, случайно вы это сделать не сможете)

На SSD смонтировать /, на HDD смонтировать /home, к примеру

Либо /home тоже на SSD сделать (не монтировать отдельно), а на HDD создать один раздел и подключить его под файлопомойку (вне /home)

А доступ у юзера, под которым запускается mysql, к файлам внутри /var/lib/mysql есть?

В дебиан и производных (убунту в том числе) есть юзер debian-sys-maint, который обладает полными правами и его пароль генерируется в файл /etc/mysql/debian.cnf, под ним можно зайти и сбросить пароль рута.

А общее использование памяти какое? Касательно spamassasin не в курсе, а вот mysql по умолчанию масштабирует свою память относительно общей памяти сервера, чем больше на сервере памяти - тем больше он выделяет (если вручную не задавать в конфиге объёмы потребляемой памяти)
free -m в студию

А в какой папке вы находились, когда выполняли эти команды? По умолчанию если открыть консоль и никуда не переходить, то попадёте в домашнюю директорию пользователя, внутри можно всё что угодно менять

" (using password: YES)" - значит, всё-таки, пароль при подключении задаётся. Попробуйте явно указать пустой пароль.

Воспользоваться сторонним PPA, например, этим: https://launchpad.net/~ondrej/+archive/ubuntu/php?... (тут 5.6 есть, возможно, прокатит)

Включите в BIOS аппаратную виртуализацию (VT-x или AMD-V, смотря какой у вас процессор).
А ещё в настройках виртуальной машины на вкладке Система -> Процессор поставьте галочку PAE.

Скорее всего, оно намайнило биткоины. Если бы оно действительно что-то воровало, то открылось бы и закрылось после отправки украденных данных, было бы паливом держать окно открытым. А вот майнер - более вероятен. И ещё есть вероятность, что в этом окне была реклама какого-то казино, но баннерорезка её вырезала и осталось только пустое окно.

А что в этом тексте не так? Или проблема в том, что он появился раньше, чем splash отобразил "индикатор" из четырёх оранжевых точек?

Подозреваю, что фотошоп подтягивает цветовой профиль монитора и пытается делать цветокоррекцию.

надо прописывать их ns-сервера, так что сразу будет ясно, у кого я использую VPS.

По самому IP-адресу можно легко узнать, какому провайдеру он принадлежит. Так что смена NS-серверов без смены самого IP никакой безопасности не добавит. А если хотите через какой-нибудь cloudflare или другую защиту от DDoS, то у них наверняка есть услуга собственных NS-серверов (у cloudflare точно есть)

Есть и снапшоты, и разностные диски. Снапшоты прямо в опциях виртуальной машины создаются, а если руками нужно создать разностный диск, зависящий от определённого диска - то через VBoxManage можно сделать это.