Банкам вообще всё равно. Всё, что лежит на ваших счетах, это для банка ваши деньги. Вопрос внутреннего учёта - это ваша головная боль.
Банки и налоговая могут контролировать причины поступления денег на ваш счёт и причины отправки денег с него. Вы не можете принять деньги на счёт организации или перечислить их с этого счёта без каких-либо оснований, подтверждённых документами. И уж тем более вы не можете перевести деньги со счёта организации физлицу не оформив документально причину такого перевода.
Так что, рекомендую, для начала, проконсультироваться с бухгалтерами и юристами, а уже потом решать технические вопросы.