Rsa97

SELECT `sa_real`.*
  FROM (
    SELECT DISTINCT `location_id_fk`
      FROM `sa_metro_house`
      WHERE `metro_id_fk` IN (4,7,6)
  ) AS `t`
  JOIN `sa_real` ON `sa_real`.`house_location_id_fk` = `t`.`location_id_fk`

или

SELECT *
  FROM `sa_real`
  WHERE `house_location_id_fk` IN (
      SELECT `location_id_fk`
        FROM `sa_metro_house`
        WHERE `metro_id_fk` IN (4,7,6)
      )

Вложенные в SELECT запросы - не самая хорошая идея, они будут вызываться на каждой строке основной таблицы.

SELECT `t`.`id_project`, `p`.`title`, `t`.`task_count`, 
       `t`.`task_lose`, `t`.`task_active`
  FROM (
    SELECT `id_project`, COUNT(*) AS `task_count`, 
           SUM(`status` = '1' AND `deadlines` < :TIME) AS `task_lose`,
           SUM(`status` = '1') AS `task_active`
      FROM `tasks`
      GROUP BY `id_project`
  ) AS `t`
  RIGHT JOIN `projects` AS `p` ON `p`.`id` = `t`.`id_project`
  ORDER BY `t`.`task_lose` DESC, `t`.`task_active` DESC, 
           `t`.`task_count` DESC

WHERE работает до GROUP BY, соответственно использование агрегатных функций (MIN, MAX, и т.п.) во WHERE не допускается.
Кроме того, начиная с версии 5.7 при использовании группировки все поля в SELECT должны быть либо агрегатными функциями, либо полями группировки. SELECT * выдаст ошибку.

Автоматически - никак, только вручную, перечислив все параметры:

SELECT `a`.`id` AS `id`, `a`.`name` AS `name`, 
       `color`.`value` AS `color`, `weight`.`value` AS `weight`
  FROM `a`
  LEFT JOIN `b` AS `color` ON `b`.`a_id` = `a`.`id` AND `b`.`name` = 'color'
  LEFT JOIN `b` AS `weight` ON `b`.`a_id` = `a`.`id` AND `b`.`name` = 'weight'

Возможен. JOIN таблицы с самой собой можно делать неограниченное число раз.

SELECT `h`.*, `h1`.`author`
  FROM `helpdesk` AS `h`
  LEFT JOIN (
    SELECT `t1`.`parent` AS `parent`, `t2`.`author` AS `author`
      FROM (
        SELECT `parent`, MAX(`datetime`) AS `maxtime`
          FROM `helpdesk`
          WHERE `parent` != 0
          GROUP BY `parent`
      ) AS `t1`
      JOIN `helpdesk` AS `t2` ON `t2`.`parent` = `t1`.`parent`
        AND `t2`.`datetime` = `t1`.`maxtime`
  ) AS `h1` ON `h1`.`parent` = `h`.`id`
  WHERE `h`.`parent` = 0

Повесьте триггер

DELIMITER $$
CREATE TRIGGER `items_BEFORE_INSERT` BEFORE INSERT ON `items` FOR EACH ROW
BEGIN
	DECLARE oldmax INT;
	SELECT IFNULL(MAX(`alt_id`), 0) 
		FROM `items` 
		WHERE `category_id` = NEW.`category_id` 
        INTO oldmax;
	SET NEW.`alt_id` = oldmax+1;
END$$
DELIMITER ;