RG5000

Отключи нотификацию у 2го сообщения

await message.answer("Подменю Кнопки", reply_markup=inlinebuttons, disable_notification=True)

Стандарта нет. Но в зависимости от структуры самого бота возможны осмысленные варианты. Можно посмотреть пример как реализовано разделение для программы тестирования веб-страницы.
Там есть основной модуль, а к нему модуль классов страниц, а к нему модуль классов элементов страниц и модуль классов соответствующих локаторов.
Классы страниц подтягивают классы элементов с соответствующими локаторами, а страницы управляются с главного класса на главном модуле.

Вот вам один подход. Конечно, он напрямую на вашу схему не ляжет, но можно в этом направлении двигаться. Классы пользователей, классы услуг, классы каких-нибудь там еще сущностей.

А можно как в фреймворках типа Django - модуль установки и настройки проекта, папка проекта, в ней - модуль шаблонов, модуль логики, модуль взаимодействия с БД, модуль администрирования, модуль взаимодействия с сервисом, для которого бот, подпапка со статикой, подпапка с конфигами…

Извиняюсь, что так долго. Пишите, ecли будут вопросы

from aiogram import Dispatcher, Bot, executor
from aiogram.types import *


bot = Bot("TOKEN")
dp = Dispatcher(bot)


@dp.message_handler(text="Кнопка1")
async def main(message: Message):
    keyboard = InlineKeyboardMarkup(row_width=1)
    btn1 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка1", callback_data="btn1")
    btn2 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка2", callback_data="btn2")
    btn3 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка3", callback_data="btn3")
    keyboard.add(btn1, btn2, btn3)
    await message.answer("Инлайновые кнопки Кнопки1", reply_markup=keyboard)


@dp.callback_query_handler(text="btn1")
async def btn1(call: CallbackQuery):
    photo = open("img.png", "rb")
    msg = await call.message.answer_photo(photo=photo, caption="Прикреплённый к фото текст кнопки 1")
    keyboard = call.message.reply_markup
    btn1 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка1 (Свернуть)", callback_data=f"{msg.message_id}_btn1")
    keyboard["inline_keyboard"][0][0] = btn1
    await call.message.edit_reply_markup(keyboard)


@dp.callback_query_handler(text="btn2")
async def btn2(call: CallbackQuery):
    photo = open("img.png", "rb")
    msg = await call.message.answer_photo(photo=photo, caption="Прикреплённый к фото текст кнопки 2")
    keyboard = call.message.reply_markup
    btn2 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка2 (Свернуть)", callback_data=f"{msg.message_id}_btn2")
    keyboard["inline_keyboard"][1][0] = btn2
    await call.message.edit_reply_markup(keyboard)


@dp.callback_query_handler(text="btn3")
async def btn3(call: CallbackQuery):
    photo = open("img.png", "rb")
    msg = await call.message.answer_photo(photo=photo, caption="Прикреплённый к фото текст кнопки 3")
    keyboard = call.message.reply_markup
    btn3 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка2 (Свернуть)", callback_data=f"{msg.message_id}_btn3")
    keyboard["inline_keyboard"][2][0] = btn3
    await call.message.edit_reply_markup(keyboard)


@dp.callback_query_handler(regexp=r"[\d]+_btn1")
async def btn1_pthotodel(call: CallbackQuery):
    await bot.delete_message(call.message.chat.id, int(call.data.split("_")[0]))
    keyboard = call.message.reply_markup
    btn1 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка1", callback_data="btn1")
    keyboard["inline_keyboard"][0][0] = btn1
    await call.message.edit_reply_markup(keyboard)


@dp.callback_query_handler(regexp=r"[\d]+_btn2")
async def btn1_pthotodel(call: CallbackQuery):
    await bot.delete_message(call.message.chat.id, int(call.data.split("_")[0]))
    keyboard = call.message.reply_markup
    btn2 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка2", callback_data="btn2")
    keyboard["inline_keyboard"][1][0] = btn2
    await call.message.edit_reply_markup(keyboard)


@dp.callback_query_handler(regexp=r"[\d]+_btn3")
async def btn1_pthotodel(call: CallbackQuery):
    await bot.delete_message(call.message.chat.id, int(call.data.split("_")[0]))
    keyboard = call.message.reply_markup
    btn3 = InlineKeyboardButton(text="Инлайн кнопка3", callback_data="btn3")
    keyboard["inline_keyboard"][2][0] = btn3
    await call.message.edit_reply_markup(keyboard)


executor.start_polling(dp)

1-Чтобы удалить клавиатуру, воспользуйтесь методом telebot.types.ReplyKeyboardRemove

2-Чтобы вернуться в главное меню нужно отправлять сообщение, к примеру, с сообщением «Главное меню» и нужной вам клавиатурой

У тебя будет проблема в том, что во второй файл надо будет передать объект bot, которого, скорее всего, не будет на момент импорта этого файла.
Есть не слишком изящный, но простой способ.

# imported_file.py
import telebot
from telebot import types

def setup(bot):  # setup() принимает бота и прочее как параметры.
    # да, прописываем обработчики прямо внутри setup()
    # но вот глобальные переменные здесь прописывать не стоит
    @bot.message_handler(content_types=['text'])
    def get_text_messages(message):
        ...

# main_file.py
import telebot
from telebot import types
import time

import imported_file

bot = telebot.TeleBot("ТОКЕН")
# убедись, что setup() вызывается строго один раз для каждого дополнительного файла!
imported_file.setup(bot)  
...  # дальше работаем как обычно

Этот вариант позволяет загрузить файл уже в ходе работы бота, но не предусматривает возможности выгрузить файл на ходу. Впрочем, не все библиотеки позволяют отвязать обработчик от события, так что это не только проблема этого подхода.