Как менять CSS плагина?

Rezonatorrr, вам придётся перелопатить php файлы темы для поиска формирования блок с id #tag-groups-tag-list-608bd8b73ad67
И никуда от этого не деться. Там не нужен этот стиль, который ему задан. Его можно и нужно задавать только в CSS файле.

Либо смотрите саму страницу с формирование данного списка. К какому шаблону привязан, к какому файлу и т. д. Или плагин, который формирует данный блок.

Почему если переходить по https на сайте и у этого сайта нет ssl сертификата, то открывается другой сайт который лежит на сервере?

Установите бесплатный SSL сертификат и не парьтесь.
Соответственно пропишите правила в файлах .htaccess сайтов с перенаправлением на https именно на этот сайт, где лежит .htaccess
Преимущество SSL сертификата - доверие. Его постепенно вживили и вживляют в мозги, даже если SSL для сайта просто не нужен (не собирает и не передаёт никакие данные, просто текстовое и медийное отображение).

Как подключить несколько одинаковых скриптов для управления разными селекторами?

siroper, вам дали ясно понять - не делайте так. Это очень нехорошо.
В яндексе флора совершенно другая. И если есть нужный объект, он не объявит его второй раз даже при нескольких подключениях. Не переопределят уже созданные объекты.
У вас же наоборот всё в корне меняется.

Как менять CSS плагина?

Rezonatorrr, о каком центрировании? Я вам сказал про две колонки. Отлично смотрится.
По центру одна колонка.
Повторяю
первое - убрать инлайновые стили с id="tag-groups-tag-list-608ae6ac8c2d9"
Второе - для .page-id-7731 .tag-groups-tag-list-tags задать стили

.page-id-7731 .tag-groups-tag-list-tags {
    display: flex;
    flex-direction: column;
    align-items: center;
}

у вас будет такая картинка

Либо для .tag-groups-keep-together задать

.page-id-7731 .tag-groups-keep-together {
    text-align: center;
}

А для .tag-groups-tag-list-tags

.page-id-7731 .tag-groups-tag-list-tags {
    display: inline-block;
    text-align: left;
}

У вас получится вот такая картинка

Как менять CSS плагина?

Rezonatorrr, первое - убрать инлайновые стили с id="tag-groups-tag-list-608ae6ac8c2d9"
Для class="tag-groups-tag-list-tags" задать стили

.page-id-7731 .tag-groups-tag-list-tags {
    column-count: 2;
    column-gap: 10px;
}

Для данной страницы будет в 2 столбика.

И запомните - инлайновые стили ЗЛО.

Как подключить несколько одинаковых скриптов для управления разными селекторами?

siroper, один раз следует подключать скрипт. Один раз!!!
А дальше делаете одну функцию, в которой используете инициализирующий функционал. После каждого блока - вызываете данную функцию для селектора.
Раз код file.js секретный, то на вскидку только такое.

Как менять CSS плагина?

Rezonatorrr, Поправить таблицу (у вас она из двух колонок) убрать инлайновые стили с элементов, задать

.page-id-7731 .tag-groups-tag-list .tag-groups-tag {
    display: inline;
}

Не форматируя код и не удаляя инлайновые стили из кода - не получится. Это будут только костыли.

Как подключить несколько одинаковых скриптов для управления разными селекторами?

Подключая несколько раз к странице один скрипт - второй, как бы "затирается".
У вас
подключение - загрузка - вызов функции
подключение - загрузка - вызов функции
подключение - загрузка - вызов функции

Это не правильно.
Что за код в file.js?

Как менять CSS плагина?

Rezonatorrr, вы вносите свои стили в медиа запрос. И при этом сам медиа запрос не закрыт

@media (max-width:1024px){
.topbar_item.topbar__menu{
display:none;
}
.page-id-7731 .entry-content table div h3.tag-groups-first-group {
display: none;
}

Выведите их оттуда и закройте медиа запрос.
И предыдущий медиа запрос закройте.
Весь код, который вы размещаете после ошибок не будет работать. Отформатируйте код ваших стилей.

Как менять CSS плагина?

Rezonatorrr, но его нет в коде.
МБ вы или кто-то до вас удалил строчку подключения стиля в вашем шаблоне.
В принципе это не важно.
Создайте файл стилей, разместите его в папке стилей темы и подключите его кодом в вашем шаблоне. В теге head перед самым body. Т. е. ниже всех файлов.

Как менять CSS плагина?

А у вас custom.css точно подключается к шаблону или вставляются в шаблон?
Что-то я его не обнаружил в коде.

Как и где генерируется popup для добавления в корзину товара в интернет магазине Битрикс?

Направим - JavaScript
Без сайта трудно сказать где именно.

Почему не работает загрузка файла на сервер?

Вы точно грузите файл на сервер или только передаёте данные, которые вы сформировали в json?
Вы не можете переместить файл с клиента C:\fakepath\test.mp3 на сервер! Ни за что!

И повнимательней с путями - https://wp-kama.ru/function/wp_upload_dir

Для загрузки файлов в Wordpress нужно использовать его API. При этом не важно, как и сколько файлов вы отправляете.

Как скопировать ссылку изображения, чтобы потом присвоить ее родительской ссылке?

MFNIK, быть не может
https://codepen.io/ProjectSoft/pen/bGgzwRo

Почему приходит такое письмо?

Да.
К примеру вы сейчас предоставили следующую информацию:

Получатель - "Мой магазин".
Сообщение, которое вы отправляете

<html dir="ltr" lang="en">
  <head>
    <title>123</title>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body><p>123</p></body>
</html>

Почему приходит такое письмо?

Всё нормально. Это тело письма. Почтовые клиенты его считают на раз.
Кодировка здесь base64

Как скопировать ссылку изображения, чтобы потом присвоить ее родительской ссылке?

Вы пробовали в вашем коде в console вывести this?

$('a.img-link > img').each(function(){
    $(this).parent().attr('href', this.src);
});

Как удалить html с помощью jquery не удаляя содержимое?

Алексей Гончаров, хорошо. Что мешает присутствию .asd при изменении разрешения?
Просто я уверен, что вы копаете ни в ту сторону.

Как правильно юзать download?

/home/batyrrpo/mysite/download/assortment.odt
Вы ссылку указали от корня сервера, как вы видите его, допустим, в FTP приложении.
В какой папке у вас index.html сайта? Вот всё, что у вас в строке пути в FTP приложения - этого не должно быть в вашей ссылке.
Допустим файл index.html лежит в директории /home/batyrrpo/mysite/, то ссылку вам надо указать download/assortment.odt. Естественно если рядом с index.html есть папка download и в ней точно есть файлassortment.odt. У вас, как я понял, всё ни так. Если разбирать путь в браузере, нигде этого файла нет.
И главное. На данном сервере статичные файлы лежат в папке static. В ней вы можете создать папку download и уже туда положить свои файлы. Тогда ссылка на ваши файлы будет выглядеть следующим образом:

https://batyrrpo.pythonanywhere.com/static/download/assortment.odt

Как удалить html с помощью jquery не удаляя содержимое?

Для чего это вообще делать? Зачем?
Вопрос реальный и без шуток.