Readonly мог быть по причинам вызванным Вашей системой, и при проблемах с системой хранения у хостера. Вы должны были описать эту ситуацию службе поддержки, и не заниматься самодеятельностью если два этих варианта не можете различить. Тем более не стоит давать дурацкий, в общем-то, совет проверить диски.
Для проверки состояние диска есть smartmontools, smart-notifier. Но в случае с VPS надо ещё понять имеет ли это смысл. Скорее всего нет, только лишнюю нагрузку будет создавать.