plugin_dir_url( __FILE__ )
возвращает url к дериктории, откуда вызывается и никак не привязана к названию плагина, причем здесь это вообще. Просто добавьте дальнейший адрес к скрипту, как обычно. plugin_dir_url( __FILE__ ) . '../js_functions/function.js'
Что вам еще надо?
и во такие модели