Дмитрий: как минимум, обратите внимание на Next Selector. Когда вы не на первой странице, в этот селектор еще попадает ссылка на предыдущие посты.. поэтому у вас одни и те же выводятся, я думаю. Замените на .nav-links .nav-next a
Что значит не придерживаются? Это "правило" не для разработчиков, это иерархия шаблонов WordPress, то как движок ищет нужный шаблон для нужной страницы. Если это страница рубрики, то ВП ищет шаблоны по порядку пока не найдет нужный от category-$slug.php до index.php. А вот внутри шаблона category.php уже может быть матрешка из кусочков шаблона, но это все можно прочитать в самом коде файла, что подключается в функциях get_template_part(); и при каких условиях. Часто делают разный вывод ленты постов или одиночного поста в зависимости от формата или кастомного типа поста. Разработчик темы не сделает никогда, что бы архив рубрики выводился в my_super_file.php, для этого есть category.php, если его нет, идем дальше по иерархии.
