Все контроллеры домена равнозначны - поэтому редактировать GPO можно на любом, где есть компонент Group Policy Management и достаточно прав. По вашему описанию я понял, что вы сбрасываете в "дефолт" какую-то политику на одном КД и тут же, не дожидаясь репликации, настраиваете ее на другом контроллере - кто вас научил делать именно так?
Обычный порядок такой: меняем политику - ждем репликацию (или подпинываем ее через repadmin) - выполняем
gpupdate /force на клиенте - проверяем результат через
gpresult /r или
gpresult /h.
Kerberos Policy - политика уровня домена (domain-wide). Параметры настраиваются или в Default Domain Policy, или в отдельной политике, которая привязывается к корню домена и имеет более высокий приоритет, чем Default Domain Policy.
Не помешает проверить
здоровье контроллеров домена (репликацию, ошибки и т.д.)