Nikelamoc

Можно просто уже текущие обернутые очистить от тегов.

$keywords = ['Canon', 'Nikon'];
$text = 'Для обычного потребителя всегда была весьма сложной задачей выбрать между <span>Canon</span> и <span>Nikon</span>, потому как ...';

$wrapped_keywords = array_map(function($el){ return "<span>{$el}</span>"; }, $keywords);

$text = str_replace($wrapped_keywords, $keywords, $text);

$text = str_replace($keywords, $wrapped_keywords, $text);

$keywords = ['Canon', 'Nikon'];
$text = 'Для обычного потребителя всегда была весьма сложной задачей выбрать между <span>Canon</span> и <span>Nikon</span>, потому как ...';

foreach($keywords as $keyword) {
    $pos = mb_strpos($text, $keyword);
    if ($pos > 0) {
        if ($text[$pos - 1] === '>') {
            // перед этим словом есть какой-то тег
        } else {
            // ...
        }
    }
    // надо бы проверить, может это слово встречается больше одного раза
}

https://vk.com/dev/groups.isMember

www.s-tv.ru/for_internet_portal

Сильно зависит от структуры словаря. Если только строковые ключи-значения, то можно попробовать вот так его писать: https://gist.github.com/sc0rp10/0cef7c64aad392a2e799.
Дальше советую обложиться профайлерами и самостоятельно выяснить, что выгоднее: писать построчно из большого словаря в памяти, либо один раз его сдампить в файл целиком. Ну а там уже делать вывод, что конкретно в вашем случае больше подходит.
Лично мне кажется, что задумываться о скорости выполнения var_export + file_put_contents стоит, например, с объема данных в сотни мегабайт. В том смысле, что на более мелких объемах, эти вызовы займут крайне мало времени на фоне общего времени выполнения и смысла экономить буквально на спичках не будет.
Но, повторюсь, все надо профилировать, а не гадать.

• Если в массивах нет повторяющихся значений и значения имеют лишь тип int или string, то можно сделать array_flip второго массива и в цикле по первому проверять наличие ключей во втором через isset.
  
• Если в массивах нет повторяющихся значений, а предыдущий вариант не подошел, можно взять вашу реализацию, убрав из неё in_array.
  
• Если в массивах возможны повторяющиеся значения, в предыдущем варианте заменить array_search на array_keys.
  

Если передумаете и захотите кода и тестов - добро пожаловать.

array_intersect_assoc

// EDIT

<?php

$foo = [
    'alice' => 'bob',
    'bar' => 'baz',
];

$bar = [
    'john' => 'doe',
    'foo' => 'baz',
];

var_dump(
    array_intersect($foo, $bar),
    array_intersect($bar, $foo)
);

// output:
array(1) {
  'bar' =>
  string(3) "baz"
}
array(1) {
  'foo' =>
  string(3) "baz"
}

Вы абсолютно верно задумались. Налицо необдуманное использование id для однотипных операций и игнорирование траверса.
Пример (вводить в крайние левые поля букву J)