1. Проводить проверку телефонов на сервере. Приводить их уже там к одному типу. Как вариант: использовать на клиенте какой-нибудь плагин, который в инпут сразу добавляет маску. Например:
jQuery Mask Plugin
2. Для того чтобы при каждой заявке не плодились клиенты, нужно каждый раз проверять номер телефона на наличие в базе (для этого есть функции в апи), далее по номеру получать ID клиента и на него в таком случае создавать заявку, если не нашли, то создаем нового клиента.
3. С почтой точно так же, если по номеру телефона нашли клиента, то почту просто добавляем к уже существующей.
В общем-то этого должно быть достаточно. По крайней мере так делаю я и все работает нормально.