Понимаете, сложно говорить об абстрактной оптимизации. Настраивать сервер надо под конкретные условия. Например, сколько у вас может быть одновременных запросов к серверу? Исходя из этого подбираются параметры. MySQL и Apache надо настраивать совместно (например, параметр max_connections из my.cnf должен примерно соответствовать MaxClients из httpd.conf). Параметры подбираются в зависимости от размера таблиц в БД, размера индексов, числа одновременных соединений, объема свободной оперативной памяти, загрузки процессора и т. д.