Для интерфейса - axure rp и возможно люстра, для иконок - люстра, для дизайна и графики - люстра + фотошоп
Вообще лучше работать с несколькими программами, это экономит время, если знаешь их слабые и сильные стороны. При наличии крайне прямых рук всё можно сделать и в одной проге (даже в фотошопе), но это не продуктивно и тяжело. Бывает даже индизайн использую для некоторых задач, не касающихся многостраничной вёрстки (в нём кстати можно даже прототипировать адаптивные сайты, есть специальные инструменты).
В общем с опытом придёт понимание, а четкого ответа нет - все программы очень хорошие, со своими сильными и слабыми сторонами.