Mysterion

Страница 404 должна возвращать код 404 и не должна индексироватьс поисковиком. В противном случае, можно и 200 код отдавать, но эту страницу следует добавить в исключение ПС.

Используйте mod_rewrite.

RewriteRule user_signin transform_files/scripts/user_signin.php

<form action="/user_signin" method="POST" >
      <input type="email" name="email" class="input mb-2" placeholder="Эл. почта" required>
      <input type="password" name="password" class="input  mb-2" placeholder="Пароль" required>
      <button class="modal__button mt-3" type="submit">Войти</button>
</form>

Данные должны записываться в базу в тот момент, когда осуществляется платеж и, соответственно, списывание средств. Если деньги снимаются со внутреннего счета на сайте, то можно сразу, главное чтобы посетитель понимал, что при клике деньги снимутся, иначе будут претензии и недопонимание. Какая Вам разница сколько будет записей, если при этом будут поступать деньги? А старые записи можно и нужно выгружать в архив. Это хорошая практика.
Если оплата осуществляется не постфактум, а через сторонний шлюз, то запись будет сохраняться при формировании платежа и при успешном платеже. Либо, если на сайте реализована такая возможность, только после получения средств будет запись в базу. Но для этого на шлюз придется передать ID пользователя на сайте (можно даже не авторизованного, а по сессии, например, но это не надежно для посетителя), стоимость и ID сущности, за которую осуществляется платеж.

Никак.
Создаете на FTP такую же папку и загружаете в нее файлы.
Если Вы откроете лог FTP-клиента, то, вероятно, удивитесь, ведь FTP тоже не копирует папку, а создает новую с таким же названием.

У сообщения в базе хранить статус сообщения или даже отдельное поле visible, которое по-умолчанию 1, а если 0, то не отображается.
А если удалить, то удалять физически или ставить соответствующий статус.