я могу вам с уверенностью сказать, что ваш исходный клиентский код никому кроме вас и заказчика не нужен. Обфускация не нужна. Нужны две версии - исходники с комментами и минифицированная версия для продакшена (кстати современные сборщики уже умеют даже DCE (dead code elimination))
Ну и если у вас что-то заказывают, нужно и исходники передавать, а не только результат

Многопоточность решается так - поднимается кластер из нескольких Node.js контейнеров, а перед ним ставится балансировщик.

Практически всё кодится на асинхронных функциях без блокировок

БД можно подключить практически любую. К ним написаны асинхронные либы без блокировок

NodeJS может всё (а чего не может - можно сделать через внешние программы)
Длительность операций любая

<oembed>http://codepen.io/MrCheater/pen/QGqdbo</oembed>