Во времена воителей и королей так делали, чтобы отдавать один код по ie6, а другой под нормальные браузеры.
Забудьте как страшный сон.
Сейчас этим занимаются только разве поисковики какие-нибудь и богатые раскрученные веб-сервисы
я могу вам с уверенностью сказать, что ваш исходный клиентский код никому кроме вас и заказчика не нужен. Обфускация не нужна. Нужны две версии - исходники с комментами и минифицированная версия для продакшена (кстати современные сборщики уже умеют даже DCE (dead code elimination))
Ну и если у вас что-то заказывают, нужно и исходники передавать, а не только результат
Если считаете, что сторонние либы, которые вы юзаете - тяжелое и тормозное дерьмище (а часто это именно так и бывает), то просто заведите свой npm репозиторий и складывайте туда свои практические решения, и переиспользуйте их
Игры на js лучше не писать. Это дело неблагодарное
Если хотите, чтобы работало кроссплатформенно, в том числе и в браузере - учите haXe+openFL. Там есть порт в JS и Flash и на мобильные платформы
require('search_all_user');
Ну а вообще если будете так писать - возникнут проблемы с тестированием. Вы не сможете в тестах замокать функцию. Лучше всего оборочивать все функции в один объект и экспортить исключительно его.
А еще всю работу с базой данных лучше сразу свести в один модуль и дергать функции уже оттуда - а то так же черевато проблемами и при тестировании, и при смене бд.