предположу:
на все каталоги дайте полные права для группы.
для каждого сайта делаем отдельную группу и делаем ее группой-владельцем. у all права отбираем вовсе. возможно стоит www-data также добавить во все эти группы
пользователя, которому надо получить доступ к какому-то сайту, добавляем в группу этого сайта
что получится.
веб-сервер владелец файлов, имеет на них все права, все ок
пользователь входит в группу, у группы есть права - пользователь получает доступ к файлам.
каталоги, в чьи группы пользователь не входит, пользователю видны, но войти в них он не может
что необходимо учесть:
поиграться со sticky-bit и umask, иначе права на новые файлы "уплывут".