С технической точки зрения, линукс/фря предпочтительнее потому что намного проще ситуация с обновлениями и версиями софта. Когда я сидел на винде — мне была проблема найти какое-нибудь php_foo_5.2.12.dll, потому что имеющаяся на руках php_foo_5.2.13.dll уже не подходила. В GNU/Linux всё собирается и компилируется без проблем. Линукс лучше потому что он со своей инфраструктурой дружественнее к разработчику на PHP/MySQL (а также ruby/python/lisp/ и т.д.). Винда тоже дружественна, но к другим технологиям типа ASP, MSSQL.
Поэтому для активной разработки и поддержки удобнее линукс. А для просто «чтоб работало» и винда сойдёт. Наверное. Но Вы на всякий случай откажитесь от ответственности за это приложение, можно письменно :3