Уточните задачу: сколько будет серверов? будут ли сервера разделены функционально и на какие группы? сколько будет территориально разделенных групп серверов (мест размещения)? сколько будет пользователей? ориентировочная интенсивность запросов? какие СУБД хотите использовать и в каких целях? чем не устраивает nginx в качестве маршрутизатора?
Матрешки - это Вы про колбэки что-ли? Так их не нужно писать, на ноде уже давно есть много средств для предотвращения глубокой вложенности.