CMS "общего назначения" - modx, не lightweight, но это её не портит, в случае маленького сайта все будет работать очень быстро.

В вашем конкретном случае поддерживаю идею со static html generator, сам использовал jekyll. Достоинства: не нужен apache (статику хорошо отдает nginx), отличная секурность и не требовательность к апдейтам (CMS как таковой вообще нет, есть генераторы контента на машине у девелопера), работает со скоростью света, внутреннее устройство прозрачно и тривиально.

Система хорошая, сделана с пониманием.
Из того что не нравится: админка довольно тяжеловесна (написана на ExtJS), когда нужно много чего сделать в админке устаешь смотреть на все эти переоткрытия страниц, постепенное раскрывание списков во время загрузки страницы, хочется быстро редактировать контент, а получается что половину времени ты ждешь пока он станет доступен для редактирования. Второе, шаблонизатор там довольно примитивен — программисту его возможностей не хватает, но это преодолимо, если в шаблонах достаточно самой простой логики. Третье, сложные вещи на modx сделать сложно. Нужно либо быть в ней экспертом (т.к. вы только, возможно, будете осваивать modx для вас это не подходит), либо решать с помощью костылей (это тоже подходит не всем), получается что сложные вещи вам будет на ней не сделать.

В остальном, повторюсь, система грамотная, работает быстро. Выше сказали, что скрипты хранит в базе — да, но умные дяденьки уже об этом подумали и все что можно там кешируется (а шаблоны, естественно, компилируются).

На правах капитана:
1. Проблема в LIKE
1.а. Проблема в вот этом символе (я выделил жирным) "like '%|1|%'"

В данном случае наличием "%" в начале строки убивается всякая возможность использовать поиск по индексу этого поля.

2. +1 за FULLTEXT, но он работает только на MyISAM (если за последнее время ничего не изменилось).

1. Скачиваем главную страницу (или другую стартовую, если нужная информация находится не на главной).
2. Парсим регулярками нужую нам информацию. Можно парсить не регулярками, а загрузить страницу в какой-нибудь html-парсер и получать от него данные в виде тегов.
3. Информацию полученную регулярками кладем в базу.
4. Парсим либо регулярками либо через внешнюю библиотеку html-парсера ссылки на другие страницы.
5. Если ссылки нам подходят (не ведут на внешний сайт и другие бесполезные для нас страницы) - переходим по ним рекурсивно. Далее повторяем цикл с начала (только парсим не главную, а ту на которую перешли).

Для обновления инфы на своем сайте запоминайте исходные id данных (ну или что-нибудь другое вместо id), и если такие записи в вашей БД уже есть - обновляйте их.