Система хорошая, сделана с пониманием.
Из того что не нравится: админка довольно тяжеловесна (написана на ExtJS), когда нужно много чего сделать в админке устаешь смотреть на все эти переоткрытия страниц, постепенное раскрывание списков во время загрузки страницы, хочется быстро редактировать контент, а получается что половину времени ты ждешь пока он станет доступен для редактирования. Второе, шаблонизатор там довольно примитивен — программисту его возможностей не хватает, но это преодолимо, если в шаблонах достаточно самой простой логики. Третье, сложные вещи на modx сделать сложно. Нужно либо быть в ней экспертом (т.к. вы только, возможно, будете осваивать modx для вас это не подходит), либо решать с помощью костылей (это тоже подходит не всем), получается что сложные вещи вам будет на ней не сделать.
В остальном, повторюсь, система грамотная, работает быстро. Выше сказали, что скрипты хранит в базе — да, но умные дяденьки уже об этом подумали и все что можно там кешируется (а шаблоны, естественно, компилируются).