<?php
use Phalcon\Mvc\Model\Query;
// Instantiate the Query
$query = new Query(
'SELECT * FROM `track` WHERE `user_id` = '1' AND `punch_date` = '2017-01-25' AND `stop_time` = '00:00:00';',
$this->getDI()
);
// Execute the query returning a result if any
$tracks = $query->execute();find() и посмотрите, какие там есть еще методы, а также ссылку на документацию тоже мождно в описании класса найти...
Да понимаю, что функционал легко оценить: работает - значит норм. Но разве в дизайне не также? Если нравится заказчику - значит норм.
сделать index.html пустой и пусть все запросы не файлы туда бегут