У вас в location / стоит proxy_pass, который, похоже, срабатывает раньше try_files
Если вам нужно проксировать API-запросы к express, то сделайте отдельно
location /api с proxy_pass, а location / оставьте с try_files
location в nginx отрабатывают в порядке убывания специфичности (еще есть нюансы с regexp, но их опустим).
