1. Берем шииииииирокую железную линейку и фигачим себе по пальцам, до тех пор пока не научимся разбивать большой код на части еще на этапе написания.
2. Открываем "Мартин Фаулер. Рефакторинг. Улучшение существующего кода". Читаем от корки до корки.
3. Закрываем книгу.
4. Рефакторим код.
5. Читаем предыдущий ответ (про webpack, browserify+commonjs, requirejs) очень очень внимательно